Caractéristiques matérielles

• 2 processeurs CPU avec chacun 32 coeurs, soit un total de 64 coeurs physiques (128 threads logiques)
• 1024 Go de mémoire centrale
• 1 carte graphique GPU NVIDIA L40S avec 48 Go de mémoire graphique
• 1.5 To de stockage rapide (NVME/SDD)
• 8.5 To de stockage capacitif (HDD)

Modalités d'usage

• installé sous Linux Debian 13
• accessible par SSH (explications ci-dessous) depuis le réseau de l'Institut, et depuis l'extérieur par VPN et via ssh.ijm.fr
• nom sur le réseau : gpu1
• authentification : via son compte IJM/LDAP sous la forme jmarchand - tout le monde a un accès
• accès très rapide aux données se trouvant sur les serveurs de stockage store* - à demander au service informatique

Machine virtuelle Windows rdp5

• Ce serveur physique héberge un serveur virtual Windows nommé rdp5.
• Son accès est explicité sur cette page.
• Ce serveur virtuel propose un bureau Windows utilisant toute la puissance CPU et mémoire du serveur pour faire tourner des applications Windows.
• Mais cette machine virtuelle ne peut pas voir le GPU.
  Il est nécessaire de travailler sous Linux directement sur le serveur gpu1 pour accéder au GPU.

Comment accéder au serveur gpu1 par le protocole SSH ?

• Au plus simple, il suffit de faire
  • depuis Windows : installer l'application MobaXterm et définir une connexion SSH vers gpu1
  • depuis MacOS : installer l'application XQuartz, lancer un Terminal et taper ssh -Y son-login@gpu1
  • depuis Linux : lancer un Terminal et taper ssh -Y son-login@gpu1

• Pour pouvoir récupérer vos travaux lors d'une coupure entre votre ordinateur et le serveur, il est préférable de se connecter
  • d'abord depuis son ordinateur par RDP sur rdp5
  • puis de se connecter par MobaXterm sur gpu1
  En effet, la session Windows sur rdp5 sera rétablie, après coupure, à l'identique de son dernier état.

Logiciels déjà installés

• outils NVIDIA : driver et CUDA 13
• outils Python : python3 (3.13) et conda (Anaconda 25.5.1)
• logiciels de traitement : R - fiji - blender - ilastik - cellranger - qupath - ne pas hésiter à en demander d'autres

Logiciel Cellpose

• Cellpose s'installe dans l'environnement de chaque utilisateur.
• Merci à
  • Gregory Arkowitz pour cette documentation d'installation depuis un PC Windows
  • Simon De Beco pour cette documentation d'installation depuis un Mac
  • Cassandra Vorms pour le lien avec FiJi

Modèles LLM d'IA

• A l'adresse https://openwebui.ijm.fr, chacun peut interroger de nombreux modèles LLM d'IA génératives